Þau gildi sem starfsmenn Flugmálastjórnar Íslands hafa í hávegum koma fram á meðfylgjandi mynd. Fimm atriði eru talin sérstaklega mikilvæg til að stofnunin geti rækt hlutverk sitt, ekki einungis eins og það kemur fram í lögum heldur eins og álitið er að viðskiptavinir og hagsmunaaðilar krefjist af stofnuninni. 

Gildi Flugmálastjórnar eru; Trúverðugleiki, góð þjónusta, góð samskipti, hagkvæmni og framþóun.

Eitt þessara fimm gilda er framþróun. sem er e.t.v. ekki það fyrsta sem kemur upp í hugann í stofnun þar sem kjarni starfseminnar er heimildarveitingar og eftirlit. Starfsmenn stofnunarinnar telja hins vegar mikilvægt að stuðla að framþróun og láta t.d. ekki tækninýjungar og tækifæri í flugi líða fyrir það að reglugerðarbreytingar á alþjóðavettvangi geta tekið langan tíma. Ennfremur vill stofnunin tileinka sér nýjungar í aðferðafræði við heimildarveitingar og úttektir þó svo að engar formlegar kröfur séu um slíkt. Ekkert gildi er þó sett ofar trúverðugleika.

Hér á eftir eru gefin dæmi um hvernig starfsmenn Flugmálastjórnar Íslands hafa einstök gildi að leiðarljósi.

Trúverðugleiki
• Við vinnum faglega og veitum þá fyrst heimildir að öll gögn séu til staðar og þau séu áreiðanleg og rekjanleg.
• Við gætum jafnræðis og trúnaðar gagnvart viðskiptavinum. Ef heimildir eru alþjóðlegar tryggjum við að ávallt sé farið eftir nýjustu alþjóðlegum kröfum.
• Undanþágur eru aðeins veittar að lokinni ítarlegri athugun.

Góð þjónusta
• Við veitum yfirferð og úttektum vegna heimildaveitinga forgang, leiðbeinum umsækjendum um framgang mála og látum heimildarveitingar aldrei stranda hjá okkur.
• Við sýnum viðskiptavinum okkar þjónustulund, erum áreiðanleg og tilbúin að vinna utan venjulegs vinnutíma þegar nauðsyn krefur.
• Við leggjum áherslu á snerpu og sveigjanleika en aldrei á kostnað fagmennsku.

Góð samskipti
• Við vinnum saman, sýnum traust og umburðarlyndi og veitum góðar/réttar upplýsingar.
• Við látum umsækjendur umsvifalaust vita ef gögn vantar.
• Við kappkostum að úttektir fari fram af einurð en fullri tillitsemi.

Hagkvæmni
• Við erum skilvirk og leggjum áherslu á að viðskiptavinir okkar fái virði þess sem þeir greiða fyrir.
• Við nýtum vel aðföng og fjármagn og förum ekki fram úr beinum ríkisframlögum.

Framþróun
• Við erum opin fyrir nýjungum og höfum frumkvæði að því að leita nýrra leiða í starfi okkar.
• Við fylgjumst grannt með á alþjóðavettvangi til að koma að áherslum Íslendinga og miðlum innanlands því sem þar fer fram.
• Við leitumst við að starfsfólk fái nýjustu þjálfun á sínu sérsviði.
• Við styðjum nýbreytni og leitumst við að láta ekki nýjungar í tækni og tækifæri í flugi stranda á reglugerðarkröfum ef öryggi er jafntryggt eða betur.